预防冷却塔内细菌滋生除了要加强冷却设备的清洗，还要要安装、维护上有所重视。比如设备开始运行或运行结束后，都要进行清洗和排空系统，并要定期对设备中的水质进行检查，确保其细菌总含量不会超标。还有不要将闭式冷却塔等设备安装在靠近排烟口的位置，这样会让水遇到养分而滋生病菌；设备排出的水气面也不能朝向空气进风口、开启式窗户等；不要使用多孔的的材料；使用简单的管路连接便于排空和清洗系统等等。

对于像冷却塔这种设备来说，多清洗多消毒肯定是好的，可以防止细菌的滋生，对人体造成危害。在开式冷却塔尤其要防范，因为开式冷却塔可以与空气接触，水通过喷淋管起到雾化的作用，空气通常由风机从下往上吹出，所以很难避免与消除细菌的产生。但在封闭式冷却塔中就得到了改善，因为水在管内密闭式循环，不予空气接触，从而使细菌没有养分可以存活。